黄皮是芸香科柑橘亚科黄皮属植物、热带亚热带常绿果树，其果实外观独特、营养丰富，且富含生物活性功能成分，为典型的食药兼用型水果，深得消费者喜爱，具有广阔的发展前景。我国是黄皮的原产地，种质资源十分丰富，然而由于缺乏系统研究，目前对其遗传多样性水平及种质间的亲缘关系还不明确，尤其在核心种质构建方面的研究尚属空白。本项目针对当前黄皮基因序列信息严重匮乏、不利于SSR分子标记开发的研究现状，在前期已通过RNA-Seq技术获得大批量的unigene的基础上，建立了黄皮SSR-PCR反应体系，挖掘并筛选了193个多态性SSR标记，利用25对多态性高、重复性好的引物对农业部广州黄皮种质资源圃保存的来自我国各黄皮产区的179份黄皮种质进行SSR分型和遗传多样性分析，结果显示我国黄皮种质资源的Shannon多样性系数（I）的变化范围为0.1297~1.0670，多态性信息指数（PIC）的变化范围为0.0565~0.5703，具有丰富的遗传多样性，基于UPGMA的聚类分析可将所有种质分成6大类群，并鉴定了大量的重复种质（同物异名）。利用SSR分型数据，结合表型性状数据，采用最小遗传距离逐步取样法（LDSS）策略，构建了包含37份代表性材料的我国黄皮核心种质，核心种质占原始种质库的20.67%，代表性在90%以上。项目实施项目期间发表论文3篇，其中SCI收录1篇。本项目首次在黄皮这一小宗果树上建立 SSR 分子标记评价体系，初步阐明了我国黄皮种质资源的遗传多样性水平和亲缘进化关系，并构建了一个能较高的代表原始种质的核心种质库，相关研究结果可为黄皮种质资源的有效利用提供科学依据，为黄皮新种质的创制提供基本数据，有助于提高育种效率，加快商业化新品种的选育进程，促进产业的可持续健康发展。