项目团队集成了全链条的水稻SNP高通量分型技术体系。该体系将基因组DNA 快速提取技术、巢式PCR扩增加技术、基于荧光信号的SNP检测技术整合创新，构建一个标准化、高通量的水稻高通量基因分型技术体系；基于上述体系，系统总结了水稻产量、品质、抗性等性状相关遗传位点，开发出功能型或靶向型分子标记20个，创新了基于不同原理的SNP高通量分型技术，显著提升分子标记在水稻性状改良中的利用效率，申报及获得授权发明专利8件。研究技术共发表研究论文5篇，其中“多基因聚合育种策略”获中国精品科技期刊顶尖学术论文；以该项目“高通量基因分型”为重要创新点的《水稻生物育种技术体系创新与新品种创制应用》成果获得2017年度广东省科技进步奖一等奖。

2.利用所构建的水稻SNP高通量基因分型技术体系，创制了航恢1231、航香48、华航油占、航恢1508、航恢1198等126份聚合多个有利基因的优良骨干种质并应用于育种实践，申报植物新品种保护权2项。

利用特异种质及功能型分子标记，项目组定向创制了一批聚合多个有利基因的优质高抗骨干恢复系材料。如将稻瘟病抗性基因（Pi2/9-H31、Pik-H4）、白叶枯病抗性基因（Xa23）、稻米品质基因（Wx-h、fgr）、恢复基因（Rf4、Rf3）等聚合得到优良恢复系航恢1231、航香48、华航油占、航恢1508、航恢1198等。利用这些多基因聚合新恢复系，高效组配出五优1198、Y两优1331、C两优1231 等系列优良品种，充分体现出项目所研发的多基因聚合育种技术在培育综合性状优异新品种方面的突出作用。所创制的多基因聚合恢复系航恢1198（申请号20161175.5）、航恢1508（20183470.1）已申报植物新品种保护权。

3. 应用所创新的多基因聚合优异种质，项目组先后培育出优质、高产、高抗水稻新品系12个参加各级区试，其中C两优1231、华航48号、华航57号等3个品种通过广东省农作物品种审定，通过产学研合作华航48号、华航57号已在生产上大面积推广应用。

利用多基因聚合新恢复系，项目高效组配出五优1198、Y两优1331、C两优1231 、天优1198等系列优良品系参加各级区试，这些新品系抗稻瘟病、品质达到国标优质等级以上、比对照增产或平产，充分体现出项目所研发的多基因聚合育种技术在培育综合性状优异新品种方面的突出作用。C两优1231、华航48号、华航57号通过广东省农作物品种审定。